Pepe Moreno comenzó dibujando historietas de temática de horror en la revista valenciana S.O.S. a mediados de la década de los setenta. Poco después compaginó su labor como dibujante de tebeos infantiles en Pumby y Pulgarcito con algún trabajo para la revista underground Star. Hacia 1977 se trasladó a Estados Unidos y siguió dibujando cómics de horror en las legendarias publicaciones Creepy, Eerie y Vampirella, a la vez que fundó la revista de corte underground titulada NART.
En Estados Unidos publicó en Epic, National Lampoon y Heavy Metal, donde se mostró interesado por las técnicas de coloreado y progresó en su técnica de dibujo y entintado. A principios de los años ochenta dibujó la serie titulada Generation Zero (sobre guiones de Archie Goodwin) que fue publicada como libro en 1992 e identificada como graphic novel; para el editor francés Albin Michel desarrolló proyectos similares desde 1984, las obras Zeppelin, Joe's Airforce y Rebel. Esta última, que data de 1984, se ambientaba en 2002 y mostraba una estampa premonitoria del atentado a las Torres Gemelas del World Trade Center por actos terroristas (que tendría lugar en 2001). Esta obra se tradujo en España en la revista Zona 84 el mismo año en que apareció en el país vecino, en álbum en 1986. La cuarta obra de Moreno fue Gene Kong, de 1987, también para Albin Michel y serializada en Zona 84 aquel mismo año. Sus obras de los ochenta fue publicada también en revistas italianas y alemanas de cómic.
Fue en 1990 cuando apareció la obra por la que es más recordado, Batman. Digital Justice (traducida como Batman. Justicia digital en España por Zinco, sólo con sólo unos meses de diferencia con respecto a Estados Unidos). Esta obra es popular por tratarse del primer libro de historietas concebido digitalmente y directamente con este formato (etiquetado como graphic novel. Téngase en cuenta que cinco años antes Peter B. Gillis y Mike Saenz habían editado en First Comics la serie de cómics resuelta digitalmente SHATTER). Esta historieta de Batman surgió como resultado de un diseño de un juego de ordenador del propio Moreno (mediante hardware de Apple Macintosh II), en un momento en el que los ordenadores domésticos potentes no abundaban, siendo el modelo Spectrum el más habitual en los hogares.
En 1993 publicó Moreno, bajo Time Warner Interactive Group, el título HellCab, realizado exclusivamente para su distribución en CD-ROM, y que obtuvo el primer puesto de los mejores cómics del año 93 de la publicación Billboard Magazine.
En la actualidad, sigue trabajando como diseñador gráfico, publicitario y de juegos de ordenador (sobre todo de estrategia, como Beachehad 2002, Panzer Killer, Desert Gunner), y sigue publicando cómics, ahora con el sello Digital Fusion, de IDW, concretamente la reedición de Rebel. Además, desarrolla una carrera paralela como humorista gráfico que utiliza para crear sus viñetas avanzadas técnicas digitales, tal y como demuestra semanalmente en su blog The Dark Side Weekly.